На начальной стадии внедрения десятилетие назад электронное декларирование товаров осуществлялось по схеме ЭД-1, которая подразумевала отправку отсканированных документов по особым каналам связи. С целью формирования и пересылки файлов для проверки на таможенный пост требовалось специализированное дорогостоящее программное обеспечение и соединение с ведомственной таможенной локальной сетью. Передача данных в форме графических файлов с использованием специальной локально-вычислительной сети имела ряд недостатков и обладала ограниченными возможностями.
На смену ЭД-1 в 2008 году пришла схема ЭД-2, которую часто называют электронное декларирование второго или следующего поколения. Отправка данных по новой схеме осуществляется уже через глобальную сеть Интернет, хоть и с подключением к узлу доступа Главного научно-исследовательского вычислительного центра Федеральной налоговой службы (ГНИВЦ ФТС РФ). Обмен информацией с таможенным постом происходит в виде привычного электронного документированного набора сообщений при помощи стандартного программного обеспечения.
Порядок подключения участников ВЭД к системе электронного декларирования по схеме ЭД-2 регулируется Приказом № 52 Федеральной таможенной службы. Процесс подключения предусматривает приобретение, установку и настройку сертифицированного программного обеспечения для формализации документов, заключение договора с лицензированной организацией на создание средств криптозащиты, получение сертификатов ключей электронной цифровой подписи. Приказ ФТС также предъявляет ряд требований к оборудованию рабочего места декларанта.
Важным моментом при работе с системой электронного выпуска товаров, перевозимых через границу государства, является применение электронной цифровой подписи (ЭЦП). Выдача сформированных сертификатов ключей ЭЦП производится в рамках соответствующего Федерального закона и осуществляется все тем же ГНИВЦ ФТС РФ. При помощи ЭЦП не только идентифицируется владелец передаваемых данных, но и проверяется наличие искажений в информации электронного документа. Отметки инспектора таможенной службы удостоверяются ЭЦП, выданной таможенным органом.