Подача таможенной декларации в электронном виде производится по утвержденной схеме. Сначала участник ВЭД самостоятельно или при содействии таможенного брокера подготавливает электронный комплект документов, включающий заполненную в соответствии с требованиями ФТС декларацию на товары и формализованные документы, необходимые для таможенного оформления данного вида товара. Электронный пакет подписывается электронной цифровой подписью и пересылается в базу данных таможенного управления. После первичного контроля файлы попадают на таможенный пост, заявленный в таможенной декларации.
Мечта любого участника ВЭД, чтобы электронное декларирование завершалось отметкой таможенного инспектора о выпуске товара в свободное обращение в случае импорта или разрешением на вывоз при экспорте. Однако, до этого момента в процессе таможенного оформления от инспектора, проверяющего таможенную декларацию, может прийти запрос на предоставление дополнительных документов или требование на проведение таможенного досмотра. Ответы на запросы осуществляются в электронной форме, а таможенный досмотр производится инспекторами на таможенном посту, где физически размещается товар в ожидании таможенного оформления.
Инспектор таможенной службы в целях проверки достоверности данных, указанных в электронно предоставляемых документах, вправе запросить информацию на бумажном носителе. Предоставление оригиналов документов может замедлить процесс таможенного оформления, но такого рода запросы строго регламентированы. Также стоит отметить, что электронный способ декларирования не может применяться в отношении отдельных видов товаров, например, подакцизных, лицензируемых или квотируемых.
После завершения всех таможенных формальностей и получения финальной отметки на таможенной декларации владельцу склада временного хранения направляется контрольная информация. Сверка и подтверждение этой информации на СВХ является заключительным этапом перед отправкой товара получателю. Таким образом, электронное декларирование товаров осуществляется должностным лицом таможенной службы, которое находится за тысячи километров от физического нахождения товара, при одновременном жестком контроле процесса таможенного оформления на месте.