Правительство РФ вынесло на обсуждение вопрос о возможном упразднении деятельности российской таможни с последующим возложением ее прямых обязанностей на налоговиков и сотрудников Службы Безопасности. По данным правительственного источника, фискальной функцией ФТС, которая заключается в контроле за тем, сколько конкретно средств поступило непосредственно от деятельности таможни в бюджет, также будут заниматься налоговики. По мнению правительства, сделать это будет несложно, если учитывать тот факт, что перечисленные службы и без того наделены функциями Агентов, контролирующих передвижение валют. Кроме того, основные функции таможенного контроля также, скорее всего, будут переданы в новое ведомство - ФСБ, которое на данный момент фактически участвует в деле контролирования деятельности на таможне. Таким образом, ФСБ получит более расширенные возможности в направлении выработки государственной политики и нормативно-правового регулирования.
На данный момент, в ведении российской таможни находятся функции контроля на пунктах пропуска, соблюдения общепринятого порядка перехода через границу, наблюдения за соблюдением ограничений и запретов по отношению к отдельным товарам. Также служба имеет право на выявление и пресечение возможных преступлений, естественно, не выходящих за рамки компетенции таможенных органов, в том числе, применяя для этого меры по противодействию легализации тех доходов, которые были получены заведомо преступным путем либо направлены на финансирование терроризма.